第8篇:用网页版工具做功能分析和motif分析

作者:jcmp      发布时间:2021-04-29      浏览量:0
一、学习目标二、准备文件提取IDR结果文

一、学习目标

二、准备文件

提取IDR结果文件的前3列

cut -f 1,2,3 Nanog-idr-merged.bed > Nanog-idr-merged-great.bed。

使用 bedtools getfasta 提取peaks的序列。

bedtools getfasta -fi \ref_genome.fa \-bed Nanog-idr-merged-great.bed \-fo Nanog-idr-merged-dreme.fasta。

三、富集分析

GREAT( http://bejerano.stanford.edu/great/public/html/index.php )对peaks的功能注释是对peaks临近基因的注释。 方法:

四、找Motif

motif是比较有特征的短序列,会多次出现的,并被假设拥有生物学功能。而且,经常是一些具有序列特异性的蛋白的结合位点(如转录因子)或者是涉及到重要生物过程的(如,RNA 起始,RNA 终止, RNA 剪切等等)。 有很多网页版工具提供了找motif的方法,2014年的一篇综述列出了目前常用的网页工具( https://doi.org/10.1186/1745-6150-9-4 ):

最常用的有MEME工具套件,下面主要介绍DREME。

DREME

适用于大批量的ChIP-Seq数据找真核转录因子短的(4nt或8nt)核心DNA结合基序。

五、DREME

六、MEME-ChIP

MEME-ChIP是MEME套件中的另一个工具,可以实现DREAM和Tomtom的分析功能,还可以评估motifs的中心富集性并整合相关的motifs合成相似性簇。MEME-ChIP能够鉴定更长的motifs(<30bp),但是运行时间比较长。

另外可以用Homer找motif,详细用法参考

找个motif嘛,简单

七、参考资料